Liên đoàn Quy hoạch và Điều tra tài nguyên nước Miền Nam hợp tác chặt chẽ với các cơ quan chuyên ngành và các cơ quan có liên quan của các tỉnh ở Miền Trung và Miền Nam Việt Nam gồm:

  - Công ty Cấp nước.

  - Sở Khoa học và Công nghệ.

  - Sở Tài nguyên và Môi trường.

  - Sở Nông Nghiệp và Phát triển nông thôn.

  - Trường Đại học Khoa học Tự nhiên.

  - Trường Đại học Bách khoa Thành phố Hồ Chí Minh.