Liên đoàn Quy hoạch và Điều tra tài nguyên nước miền Nam hiện đang sử dụng 2 phần mềm để xây dựng các mô hình nước dưới đất:

  - Phần mềm Visual MODFLOW: Bản quyền  công ty Waterloo Hydrogeologic Inc. (180 Columbia St.W.-Unit 1104 Waterloo, Ontario, Ca nada) được phát triển bởi Nilson Guiguer và Thomas Frans. Ứng dụng thực tế đầy đủ và dễ sử dụng cho việc mô phỏng dòng chảy 3 chiều và vận chuyển vật chất với 3 loại mô phỏng: MODFLOW, MODPATH và MT3D 

   - Phần mềm GMS (Groundwater Modeling System): Sản phẩm của EMRL (The Environmental Modeling Research Laboratory thuộc trường đại học Brigham Young (Hoa Kỳ). Phần mềm GMS bao gồm giao diện đồ họa và 9 loại mô phỏng (MODFLOW, MT3DMS, RT3D, SEAM3D, MODPATH, SEEP2D, FEMWAER, NUFT và UTCHEM).

Các mô hình đã được thực hiện:

• Mô hình dịch chuyển ranh mặn khu vực Cà Mau (2000)

• Mô hình dịch chuyển ranh mặn khu vực Thành phố Hồ Chí Minh (2000)

• Mô hình dòng chảy toàn đồng bằng Nam Bộ (2000)

• Mô hình dịch chuyển ranh mặn Thành phố Hồ Chí Minh (2001)

• Mô hình dòng chảy vùng Thành phố Hồ Chí Minh (2001)

• Mô hình dòng chảy khu vực Bà Rịa (2002)

• Mô hình dòng chảy vùng Cao Lãnh -Sa Đéc (2002)

• Mô hình dòng chảy vùng Tân An-Bình Định (2002)

• Mô hình dòng chảy vùng Thủ Thừa (2002)

• Mô hình dòng chảy khu vực Trà Vinh (2003)

• Mô hình dòng chảy lưu vực sông Sài Gòn (2004)

• Mô hình dòng chảy tỉnh Đồng Nai (2004)

• Mô hình dòng chảy vùng Bạc Liêu (2005)

• Mô hình dòng chảy vùng Mộc Bài-Tây Ninh (2005)

• Mô hình dòng chảy tỉnh Đồng Tháp (2005)

• Mô hình dòng chảy khu vực Mỹ Xuân tỉnh Bà Rịa-Vũng Tàu (2005) 

Phần mềm Visual Modflow

Phần mềm GMS

Mặt cắt hàng rào TPHCM

Cấu trúc các tầng chứa nước ở đồng bằng Nam Bộ

Vị trí các lỗ khoan quan trắc